問:在用qEP做支原體檢測的時候,加入內控對照品,在儀器設置上是需要選擇兩個通道嗎?
答:是需要2個通道,一個FAM, 一個HEX,HEX是對應內控的通道。
問:我想問一下,7500儀器里面沒有HEX這個通道選項,可以用哪個通道代替呢?
答:7500這款是沒有HEX熒光標識,不過問過廠家,說7500有VIC,可以用VIC通道。
問:qPCR結果判定中,FAM positive,HEX irrelevant中這個不相關是具體指什么?
答:這個不相關是指如果FAM是陽性,那么由于擴增時存在競爭性抑制,所以內控是否有擴增,其無關緊要。
問:在用樣品制備試劑盒時,進行支原體DNA提取時,加入內控對照品,實際上是監控在提取操作總是否能夠binding支原體DNA,而無法監測這步操作的回收率的,是嗎?
答:“實際上是監控在提取操作總是否能夠binding支原體DNA”,可以這么理解,或者說是在監測整個提取過程。我們又問了一下廠家,內控和樣品的提取效率是一樣的,這樣可以反映樣品的真實情況,因為只要內控提取后能測出來,那就表明提取是沒有問題的。極少量的支原體如10CFU的,通過提取,也是可以檢測到的,表明靈敏度是沒有問題的。樣本Ct值和10CFU的Ct值比較,是可以進行相對定量的。
問:你們好,我問一下你們這個Venor Gem qEP試劑盒能做放行檢測嗎?
答:放行應相當于國外說的release testing, 這個qEP試劑盒是符合國外藥典規定的性能,能做放行檢測的。同時需注意要做支原體DNA抽提才行,抽提是用另外一個盒子,見廠家的venor gem sample preparation kit。
問:這個如果是用來檢測細胞上清,是不是就不用提取DNA了呢?
答:只要是跟藥典有關,跟臨床治療或制藥檢驗有關,就需要提取DNA。如果僅僅是科研用培養細胞,篩查支原體,則可以不提。
問:詢問qPCR儀器的設置
答:具體可見MB廠家文件Venor®GeM qEP: Cyclers Programming,可從網站上下載。
問:被動參比染料是選“none”吧?
答:對,沒有ROX,選none
問:大家好,想咨詢一下,咱們支原體DNA提取時所取的樣本量是依據什么定的呢,比如,我們有CAR-T細胞,病毒液等,如果CAR-T細胞按細胞數來的話取多少細胞數比較好,或者如果病毒液按體積的話多少體積更佳呢?
答:支原體 DNA 提取試劑盒可從多含有 1X 106細胞/ml 的細胞上清中直接分離 DNA,病毒沒有要求。總體積多 200μl。提取的樣本就是細胞上清,ATMPs(高級醫用藥品),細胞培養基等。病毒液應該也是初來自細胞上清吧。樣本量是根據支原體污染量得出的經驗值,跟核酸純化柱上的DNA膜吸附能力有關。
問:病毒液就是類似細胞上清的。如果體積大于200ul的話我們可以濃縮,但是這個體積有沒有一個上限呢?
答:體積有上限,是200 to 1000 µl, 可以參看經典法試劑盒的那個說明書里對樣本處理那一塊。這個樣本量同時還考慮了靈敏度,使檢測達到很好的靈敏度。如果細胞數高于1X 106細胞/ml ,那必須要先調細胞數了。或者減少樣本體積,總細胞數不超,也行。
問:您好,我這邊要提取10cfu對照品的基因組,10cfu對照品的說明書寫著用1ml基質重懸,基因提取試劑盒說一次上樣200μl進行提取,想問您一下,用200μl基質重懸10cfu可以嗎,想一次提完。
答:還是建議用1ml的基質重懸,因為靈敏度是以10CFU/ml為單位的。如果用200ul,濃度就高了。廠家建議10CFU標準品復溶了以后,要立即用完,不要再保存,擔心可能降解。
問:那1ml溶解的標準品,按提取試劑盒的要求,就得用多個管子一次提完對吧?
答:是的。
問:這個抽提試劑盒的收率有多少,是磁珠還是吸附柱?吸附柱的收率能有,因為以前我們用其他品牌的抽提試劑盒,收率只有百分之六,這樣的話,就存在假陰性結果的可能。
答:是吸附柱的方法。提取試劑盒的COA里,用的是很少量的支原體10CFU/ml,提取DNA后都可以檢測到。廠家來信說,產率依賴于DNA的類型(如GC含量,是基因組還是質粒)、操作者的技巧以及樣本基質的情況。因為這些情況,操作者很難達到生產商所給的比率,從而形成各種討論,因此產率沒寫到說明書里。
問:要檢測支原體的培養基中有酚紅,是否還需要抽提?
答:只要是在25ulPCR體系中加入的樣本量≤2ul,酚紅就不會對qPCR構成問題。更高濃度的酚紅會引起基線偏移,造成靈敏度降低。如果僅僅是篩查,則不需要抽提DNA。如果是做10CFU/ml的產品放行檢查,則需要抽提了。細胞基質的驗證總是要做的。
問:做qPCR,一個陰性對照Ct約為40,也有擴增曲線。是什么原因?
答:Ct值大于40可能是由于產生非特異性信號(如primer artefacts)以及極微小的污染所致。 但是,該結果是不具有可重復性的,因此結果仍然是陰性。
問:一步法的盒子的靈敏度是否總低于經典法試劑盒?有沒有可能一步法的盒子也能檢測10CFU?
答:廠家回復如下:意思是一步法的樣本量為2ul用于支原體篩查,經典法為10ul,用于產品的放行檢測。檢測10CFU的標準品非常具有挑戰性。一步法因為樣本量不夠,很難達到10CFU/ml。如果客戶想要包含DNA聚合酶的PCR試劑盒,可以選擇VenorGeM Classic G型試劑盒。它和經典法(不含酶)的交叉驗證確實做過,顯示同樣的靈敏度。但全套的驗證沒有做過。
問:支原體10cfu標準品是干粉吧? 配完后是多少體積?
答:是凍干粉,加基質液后是1ML體積。
問:基質液產品里帶嗎?
答:這個產品里不帶,是客戶自己要檢測哪類樣品,就用樣品里的基質液(例如用的哪個培養基)
問:PCR經典法,跑膠時體現1條陽性帶,是否代表PCR經典法可以檢測多種支原體,無法區分支原體種類。
答:PCR經典法,跑膠時為1條陽性帶,無法區分支原體種類,需要將擴增產物測序鑒定。