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蛋白質組學再立戰功:揭示了BCAT1在癌細胞轉移中的重要作用

更新時間:2021-12-06  |  點擊率:1070

癌癥是對人類健康威脅最大的疾病之一。根據世界衛生組織(WHO)的統計,2018 年全球新發癌癥病例達到 1,807 萬例,其中肺癌 209 萬例,發病率名lie前茅。

中國癌癥新發患者人數也在逐年增加,根據國家癌癥中心發布的全國癌癥數據,2015 年全國新發惡性腫瘤病例數約 392.9 萬例,肺癌位居發病shou位。





肺癌患病率逐年攀升,轉移是肺癌高死亡率的主要原因之一,嚴重危害人類公共健康。

肺癌是如何轉移的?

哪些因素會影響肺癌轉移?

如何斷了癌細胞后路,避免其轉移?

這些問題一直困擾著研究人員。

近日,《Theranostics》上發表了一篇標題為:“Proteomic analysis of lung cancer cells reveals a critical role of BCAT1 in cancer cell metastasis"的論文,或許可以在一定程度上回答上述問題。


濃縮精華版:

研究人員發現:在轉移性肺癌細胞和肺癌患者的轉移性組織中,分支鏈氨基酸代謝的關鍵酶BCAT1蛋白水平呈現過表達狀態。通過數據分析分析得出結論:BCAT1轉錄的增加,與肺癌患者總生存率較低之間存在關聯性。

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在過去的十年中,基因組測序越來越多地被應用到轉移性腫瘤突變譜的研究中 [1,2]。已有一些研究,對肺癌患者標本進行了全面的蛋白質基因組學研究,繪制了呈現了原發腫瘤相對于腫瘤旁“正常"組織的蛋白質組圖 [3,4]。然而,關于轉移性肺癌的蛋白質組水平的相關研究仍然不足。

我們已經知道,氨基酸代謝在腫瘤發生和轉移中起重要作用。


氨基酸密碼子對照表

支鏈氨基酸(BCAA)到α-酮戊二酸(α-KG)的轉氨基反應,由胞質BCAT1和線粒體BCAT2兩種類型的bcat基因催化。該反應產生谷氨酸,而谷氨酸又可以被腫瘤細胞優先利用以促進生存[5]。


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由此得到的支鏈酮酸(BCKA)進一步分解為乙酰輔酶A和琥珀酰輔酶A,它們是TCA循環的中間體[6]。BCAT1的過表達與髓樣白血病[7]、膠質瘤[8]和非小細胞肺癌[9]的癌癥進展有關,而增加BCAA攝取對于維持NSCLC[10]的腫瘤發生很重要。然而,BCAT1的表達過程,是否在轉移性腫瘤中出現紊亂?在潛在的遷移過程中發揮作用?這些目前尚不清楚。

為了確定與肺癌轉移狀態相關的蛋白質組學的變化,研究人員用到了一種同位素標記(SILAC:細胞培養穩定同位素標記,在細胞培養過條件下,用含有輕、重同位素標記氨基酸的培養基,進行細胞培養,若干代后,細胞中的蛋白質被穩定標記上同位素)的定量質譜分析。

利用原發性肺腺癌A549細胞系(zhi定L0)和L0細胞進行了三輪BALB/c Nude小鼠體內選擇,產生脊柱轉移細胞(zhi 定L2和L6)[11]。然后,分別在“輕、中、重"三種同位素標記的培養基進行培養,穩定標記后進行質譜定量分析。

得到結果1

  • 轉移細胞顯示出與原代細胞不同的蛋白質表達譜。相對于L0細胞,L6細胞中有74個蛋白、L2中有86個蛋白發生了顯著變化。

  • 在顯著改變的蛋白質中,33個在兩種轉移細胞系(L2和L6)中出現重疊。

  • 顯著富集的通路是氨基酸代謝過程(1C-D)BCAT1, BCAA代謝速率限制酶,是轉移細胞中最一致的上調蛋白。并且,上調蛋白的mRNA水平也升高。

隨后,作者又比較分析了四對,來自腫瘤患者樣本的原發和轉移性腫瘤組織進行蛋白質組學。

采用串聯質譜(TMT)標記和質譜定量分析方法檢測蛋白表達,利用TCGA數據進行分析。

得到結果2

  • 鑒定出14個變化顯著的蛋白。其中大部分改變的蛋白參與免疫反應通路,包括干擾素- γ和PPAR信號通路。這些改變的蛋白也存在于先前SILAC質譜分析得到的數據庫中。

  • 患者的總生存期(OS, n = 241)與BCAT1表達呈負相關 ,表明,BCAT1可能是肺癌進展的一個弱預后標志物。

接著,研究人員利用A549細胞系,進行了一系列細胞學實驗以及分子實驗:Western blot、trans-well、RNA干擾等,以及小鼠體內實驗,進一步探究BCAT1在轉移中的作用。

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得到結果3

  • 與使用原代和轉移性A549細胞株的SILAC蛋白質組學結果一致,Western blot檢測BCAT1發現在轉移性細胞中顯著增加。

  • L2和L6細胞的遷移能力明顯高于原代L0細胞,說明轉移性更高。

  • 穩定表達shRNA對抗BCAT1 (shBCAT1)的L2和L6細胞,并進行了反轉錄實驗。表達shBCAT1的細胞的遷移速度明顯慢于表達重組shRNA的對照細胞。

  • 體內實驗發現:與對照組細胞相比,接種表達shBCAT1的L6細胞的小鼠的癌細胞轉移率降低。

  • 對主要轉移部位(股骨和脛骨)的Micro-CT分析顯示,接種轉移細胞的小鼠有嚴重的骨性侵蝕(與L6和L0細胞相比),而接種表達shBCAT1的轉移細胞的小鼠骨性侵蝕小得多。

  • 最終得出結論:敲除BCAT1后,體外轉移的L2和L6細胞遷移能力減弱,體內骨轉移的嚴重程度大大降低,幾乎達到L0水平。BCAT1的過表達可能驅動肺癌細胞轉移,而降低BCAT1的表達抑制了癌細胞的遷移和轉移。

為了深入了解BCAT1介導的轉移的機制,研究人員檢測了與干細胞和上皮-間質轉化(EMT)相關基因的表達。

得到結果4

  • 在L2和L6細胞中,干細胞轉錄因子SOX2在mRNA和蛋白水平均顯著升高。

SOX2是維持胚胎干細胞和腫瘤干細胞可塑性的轉錄因子,它的過表達促進了肺癌的轉移。在已有研究中,SOX2的表達增加可能會使L0細胞進入低分化狀態,遷移能力增加。

文章作者從先前的研究[11]中重新分析了這些A549細胞的RNA-seq數據。

得到結果5

  • SOX2下游的許多基因在L2和L6細胞中均顯著上調,包括Wnt信號基因NOTCH3、DVL1、DVL2和致癌基因KLF4。

  • 與SOX2相互作用的轉錄因子,包括FOXK1和FOXC1,增加了表達。

  • 顯著富集的通路是氨基酸代謝過程(1C-D)BCAT1, BCAA代謝速率限制酶,是轉移細胞中最一致的上調蛋白。并且,上調蛋白的mRNA水平也升高。

然而,在先前的SILAC實驗結果中,轉移細胞中包括CTNNB1和DVL2在內的Wnt信號蛋白減少。He等人之前的一項研究也表明,過表達SOX2可能通過上調A549細胞[12]中的GSK3β,導致Wnt/β-catenin信號通路的抑制。

因此,作者假設SOX2通過β-catenin抑制Wnt信號,維持轉移細胞的未分化狀態

為了驗證這一假設,研究人員用幾種不同的方式:熒光成像、流式細胞術、Western blot、Real-time PCR,確定了BCAT1在轉移性A549細胞中促進了SOX2的表達,這一新的途徑可能是肺癌細胞干性的重要調控因子

得到結果6

  • α-KG  水平確實在L2和L6細胞中降低,而降低BCAT1的表達部分恢復了α-KG  水平。

  • 谷氨酸、KIV和BCAAs在轉移細胞中積累。

  • 隨著降低BCAT1的表達,這些氨基酸和酮酸的水平也會降低。由于α-KG是DNA去甲基化酶TET2的輔助因子,降低α-KG濃度可能導致靶基因啟動子區域的高甲基化,從而沉默這些基因。

  • 檢測了DNA甲基化,發現L2和L6細胞中5-甲基脫氧胞嘧啶(5mdC)顯著升高,表明DNA有整體高甲基化的趨勢。

  • 在表達sh-BCAT1的L2和L6細胞中,5mdC大量減少。此外,在L2和L6細胞中觀察到組蛋白甲基化增加的現象。

TET2調控的許多基因中有編碼micro-RNAs的基因,已有研究表明miR200家族成員是SOX2的負調控因子。


這提出了一種可能性:

即bcat介導的α-KG的減少導致miR200家族成員的高甲基化,并解除了SOX2的翻譯抑制。

分析顯示miR200c的表達與BCAT1呈負相關。


有報道稱:miR-200c表達的丟失在NSCLC中誘導了侵襲性表型。研究人員測量了miR200c,以及其他后續實驗。

得到結果7

  • miR200c在L2和L6細胞中觀察到統計學上顯著的大幅減少。

  • 敲除BCAT1可增加miR200c的表達。

  • 另外兩種可以靶向SOX2 mRNA的microRNA:miR429和miR21-5p,在BCAT1敲除后也表現出類似的效果,盡管它們在轉移細胞中表達水平不同。

  • 添加DM-α-KG(一種能夠穿透細胞膜的α-KG類似物),可以在L2和L6細胞中以劑量依賴性的方式降低SOX2的表達。

  • DM-α-KG治療也增加了轉移細胞中的miR200c。

因此,研究人員認為:

BCAT1-α-KG-miR200c-SOX2

調控途徑成立!

綜上所述,研究發現BCAT1在轉移性肺癌細胞中表達上調,調控其遷移轉移,并與不良預后相關。該研究確定了一條新的通路,其中α-KG是轉移性肺癌細胞中BCAT1和SOX2表達轉錄后調控之間的關鍵代謝信號傳導中間體。

這些發現可能為靶向肺癌轉移過程的治療開辟新的策略。